Науково-дослідна робота Вінницького фінансово-економічного університету здійснюється відповідно до стратегії інноваційного розвитку університету затвердженого ученою радою ВФЕУ на період до 2020 року.
Науково-дослідна робота Університету ґрунтується на вимогах широкого використання наукового потенціалу у навчальному процесі підготовки спеціалістів. З цією метою Університет займає активну позицію в проведенні наукових досліджень з питань професійного, правового та інформаційного забезпечення регіональної економіки та підприємництва. У науково-дослідній роботі ВФЕУ використовує підходи та методи, що досить добре зарекомендували себе в діяльності провідних вищих економічних навчальних закладів та наукових установ. Тематичний план науково-дослідних робіт формується відповідно до угоди, котра була укладена із Головним департаментом економіки Вінницької обласної державної адміністрації.
Викладачами кафедр Університету здійснено низку наукових розробок, а саме:
1. Розробка науково-методичних засад системно-кібернетичного підходу до управління в освіті.
2. Науково-методичні засади системно-кібернетичного підходу до управління в освіті.
3. Методи та засоби моделювання економіки регіону на базі інтелектуальних технологій.
4. Застосування теорії квазігруп до розв`язання задач на планування.
5. Моделювання корпоративних інформаційних систем в умовах трансформації економіки регіону.
6. Впровадження ефективних апаратних удосконалень і програмних засобів в галузі практичної медицини і навчальний процес.
7. Впровадження інформативних технологій, програм та апаратних засобів в корпоративні підприємства.
8. Науково-економічне обґрунтування системи менеджменту (на прикладі підприємств харчової промисловості).
9. Системи управління діяльністю та розвитком організації на засадах системного підходу та використання сучасних інформаційних технологій.
10. Формування логістичного мезоекономічного простору за умов становлення ринкових відносин в Україні.
11. Проблеми теорії та практики фінансів і фінансового менеджменту у Вінницькому регіоні.
12. Розробка інформаційної системи моніторингу показників фінансової діяльності підприємств.
13. Проблеми теорії та практики фінансів і фінансового менеджменту у Вінницькому регіоні.
14. Управлінська діяльність менеджерів сільськогосподарського підприємства ринкового типу.
15. Проблеми теорії та практики фінансів і фінансового менеджменту у Вінницькому регіоні.
16. Оцінка впливу інновацій на економічні показники підприємств (на прикладі підприємств машинобудівельної галузі).
17. Організаційні та економічні методи удосконалення системи управління якістю.
18. Моделювання корпоративних інформаційних систем в умовах трансформації економіки регіону.
19. Впровадження ефективних апаратних удосконалень і програмних засобів в галузі практичного медицини і навчальний процес.
20. Оптимізація комерційних Інтернет ресурсів.
21. Впровадження інформаційних систем у менеджмент підприємств.
22. Статистичні методи в системах управління якістю промислового підприємства.
23. Інформаційні технології оптимізації багатостадійних технологічних процесів з людино-машинним управлінням.
24. Системи управління діяльністю та розвитком організації та використання сучасних інформаційних систем.

Результати наукових досліджень сформовані у таких видах наукової продукції:
 наукові звіти викладачів про виконану роботу;
 наукові статті, тези, що опубліковані або подані до друку;
 монографії, навчальні посібники, які опубліковані або ж подані до друку.

Головними завданнями у сфері НДР Університету є наступні:
 продовження розпочатих НДР та підвищення системності їх реалізації у приватному вищому навчальному закладі;
 збереження високих показників НДР в умовах економічної кризи та існування низки проблем із формуванням контингенту абітурієнтів;
 безперервний розвиток кадрового наукового потенціалу через систему докторантури та аспірантури;
 систематичне висвітлення результатів НДР шляхом здійснення публікацій у фахових наукових виданнях України;
 збереження високого авторитету наукових конференцій, котрі проводяться у ВФЕУ та їх розвиток за рахунок запровадження нових форм, окрема Інтернет- та відео-конференцій;
 розширення міжнародних контактів, участь у міжнародних дослідницьких проектах;
 комплексне впровадження результатів НДР в практику виробничої і соціально-економічної діяльності, а також у навчальний процес.