Кафедра економіки була сформована на базі кафедри економічної кібернетики, заснованої у відповідності до рішення ДАК (протокол № 30 від 12 грудня 2000 р.) та затвердженої наказом № 9 по університету від 17 січня 2001 року. Очільником кафедри було призначено кандидата технічних наук Ушакова Едуарда Павловича. На той час мала такий професорсько-викладацький склад:
 Ушаков Едуард Павлович – к.т.н., завідувач кафедри;
 Плотніков Анатолій Дмитрович – к.т.н., професор;
 Шньорко Володимир Миколайович – к.ф.-м.н., професор.;
 Мироненко Алла Миколаївна – к.т.н., доцент;
 Підгурський Олександр Ігорович – к.т.н., доцент;
 Васильович – к.т.н., доцент;
 Веселовська Наталія Ростиславівна – к.т.н., доцент.
 Соловйова Ольга Михайлівна – ст.. викладач;
 Самар Зоя Григорівна – асистент;
Перший набір студентів на спеціальність «Економічна кібернетика» був здійснений у вересні 2001 року та налічував 29 чоловік на денну форму навчання та 21 на заочну форму.
По закінченні 5 років навчання троє студентів групи 1-ЕК-01 отримали дипломи з відзнакою (Шубрат Раіса, Ляхович Людмила, Камінська Ольга).
У 2003 році наказом ректора по ВФЕУ завідувачем кафедри був призначений кандидат економічних наук, професор Мартинюк Петро Семенович. В цей період активного працює наукова школа «За регіональний розвиток». Наукова школа працює на підставі угоди з Головним управлінням економіки Вінницької облдержадміністрації. У складі наукової школи працює 8 кандидатів і докторів наук, аспіранти, більше 20 студентів. Наукові дослідження ведуться безкоштовно. За результатами досліджень проведено ряд республіканських і міжнародна конференції, розроблено навчальний курс «Стратегічна реструктуризація підприємств». Навчальний план і програма курсу затверджена МОН України і рекомендовано до введення цього курсу у всіх ВНЗ.
Університет та кафедра бере активну участь у розробці стратегічного плану регіонального розвитку Вінницької області.
З вересня 2010 року кафедру очолив доктор технічних наук, професор Кабаненко Валентин Федорович, керівник наукової школи «За ефективне енергозбереження та екологічну безпеку», який працює по теперішній час.
На свій свій 10-ти річний ювілей кафедра економічної кібернетики мала такий професорсько-викладацький склад:
 Кабаненко Валентин Федорович – д.т.н., професор, завідувач кафедри;
 Куперштейн Леонід Михайлович – к.т.н., доцент, заступник завідувача кафедри;
 Мартинюк Петро Семенович − к.е.н., професор;
 Яблочніков Сергій Леонтійович – професор;
 Акулов Михайло Григорович − к.е.н., доцент;
 Іващук Олена Володимирівна – к.ф.-м.н., доцент;
 Васильович – к.т.н., доцент;
 Соловйова Ольга Михайлівна – ст.. викладач;
 Казеко Ірина Олексіївна – ст. викладач;
 Сорокун Світлана Вікторівна − ст. викладач;
 Гудима Алла Володимирівна − викладач;
 Бровчук Оксана Миколаївна – лаборант.
Основні пріоритети кафедри: наукові дослідження із залученням студентства, а також підвищення якості освіти.